Церковь была спроектирована в 1908 году архитектором Александром Яхтманом.

С 1928 года в церкви Иоанна Предтечи настоятелем церкви стал о. Константин Григорьев (расстрелян 12.03.1938 в числе других гатчинских священнослужителей). «Каждый, кто заходил в нашу маленькую церковь, не мог не похвалить ее, — писал в своём дневнике о.Константин, — Мы украшали храм, увеличили службы, на праздники у нас пел отличный хор, рядовые службы пел весь народ. …По примеру ленинградских церквей, я завел по вечерам служение акафистов….Более трех лет мы боролись с раскольниками. Власти от них отнимали молельню, а они просили горсовет уступить им нашу церковь — в виду того, что на кладбище имеется два православных храма. Сколько хлопот и мук причинили они нам, но пришлось уступить. Наша община присоединилась к Павловскому собору, туда мы перенесли свои иконы и службы; жалеем, что рассыпалась наша духовная семья, но верим, что все случается тогда и так, как определяет Господь».

Семь лет прослужил о. Константин в Предтеченском храме Гатчины, снискав любовь и уважение прихожан.

В 1930-е годы храм был закрыт.

Церковь вновь открыл 14 декабря 1941 года кандидат богословия священник Михаил Смирнов, служивший до войны в Лигове. В августе 1942 года о. Михаил после расстрела настоятеля Павловского собора о. Александра Петрова служил также и в Павловском соборе.

В 1950-х годах храм св. Иоанна Предтечи был приписным к собору.

14 июня 1967 года исполком Гатчинского горсовета принял решение о «необходимости по-новому» организовать в городе проведение захоронений.

Под прикрытием «многочисленных заявлений трудящихся» здание храма было изъято из ведения церкви и превращено в помещение для проведения гражданских «панихид».

После возвращения храма Православной Церкви Павловский собор провёл в храме восстановительные работы на сумму более миллиона рублей. 27 октября 2007 года состоялось торжественное освящение храма-часовни св. Иоанна Предтечи или Мало-кладбищеннской церкви, как её называли до революции.

Чин освящения храма и литургию совершил благочинный Гатчинского округа протоиерей Владимир Феер. Ему сослужили: настоятель Покровского собора протоиерей Михаил Юримский, настоятель Казанской церкви пос. Вырица протоиерей Георгий Преображенский, настоятель храма святых апостолов Петра и Павла пос. Карташевская иерей Николай Груздев, свящ. Константин Трофимов и диакон Дмитрий Никольский.

Сейчас приход церкви св. Иоанна Предтечи усердно благоукрашает свой храм, в котором регулярно совершаются службы. Собираются сведения о священнослужителях и православных мирянах, захороненных на Гатчинском кладбище.

Силами прихода и добровольцев проведена очистка от мусора разрушенного в 1941 г. здания церкви Всех Святых.

В день праздника Всех святых 14 июня 2009 г. в храме состоялось соборное служение гатчинского духовенства, в котором приняли участие два митрофорных протоиерея: о. Михаил Юримский и благочинный о. Владимир Феер. После Божественной литургии был совершён крестный ход и отслужен водосвятный молебен у стен полуразрушеной церкви Всех Святых.

Ныне образован приход Всехсвятской церкви, который возглавил иерей Александр Асонов.

Будем молиться, чтобы по милости Божией эта святыня предстала перед нами со временем во всём своем былом великолепии.